Der Bau eines SOS-Kinderdorfes auf der Insel Flores wurde nach dem verheerenden Erdbeben im Dezember 1992 beschlossen, da damals viele Kinder in Not waren. Flores war früher eine portugiesische Kolonie, die Mehrheit der Bevölkerung ist katholisch. Auf der Insel herrscht ein heißes, trockenes Klima. Da die Insel oft von Erdbeben heimgesucht wird, wurden die Häuser des SOS-Kinderdorfes in erdbebensicherer Bauweise errichtet: Sie verfügen über eine spezielle Dachkonstruktion, und die Böden wurden wegen möglicher Seebeben erhöht.Das SOS-Kinderdorf Flores liegt im Ort Waturia, 14 km westlich der Bezirkshauptstadt Maumere. Es wurde 1998 von SOS-Kinderdorf-Präsident Helmut Kutin offiziell eröffnet.
Es besteht aus zwölf Familienhäusern, einem Dorfleiterhaus, einer offenen Mehrzweckhalle, einem Spielplatz und verschieden Verwaltungsgebäuden. Jedes Familienhaus hat einen eigenen Gemüsegarten, der die Familien mit frischem Gemüse versorgt. Auf dem Dorfgelände wurden zahlreiche Mango-, Bananen- und Tamarindenbäume gepflanzt. In einer SOS-Jugendeinrichtung werden Jugendliche auf ihrem Weg in die Selbstständigkeit begleitet.
1998 wurde der SOS-Kindergarten eröffnet, in dem bis zu 90 Kinder aus dem SOS-Kinderdorf und der Umgebung betreut werden können. Im selben Jahr entstand auch ein SOS-Sozialzentrum, wo Familien in gesundheitlichen Fragen beraten werden und von wo aus bei Bedarf auch Programme zur Nachbarschaftshilfe gestartet werden können.