Am Morgen des 26. Dezember 2004 wurden die Küstengebiete rund um den Indischen Ozean von einem Tsunami verwüstet. Die Flutwelle war durch ein Erdbeben vor der Küste von Banda Aceh (Indonesien) ausgelöst worden. Über 300.000 Menschen fielen dem Wasser zum Opfer. In Indien waren Pondicherry sowie Küstengebiete der Bundesstaaten Tamil Nadu, Andhra Pradesh und Kerala am meisten betroffen. Vom ersten Tage an leistete SOS-Kinderdorf Nothilfe und half beim Wiederaufbau von Wohnhäusern und öffentlichen Gebäuden. Zuerst konzentrierte man sich darauf, die Opfer psychologisch und mit Nahrung zu versorgen und ihnen eine Unterkunft zur Verfügung zu stellen. Dann versuchte man, noch lebende Verwandte der Kinder ausfindig zu machen und festzustellen, ob diese für die Kinder sorgen können. Schließlich beschloss man, zwei SOS-Kinderdörfer für jene Kinder, die niemanden mehr haben, zu errichten. Nagapattinam und Pondicherry wurden als Standorte für diese beiden Dörfer ausgewählt, da die Flutwelle dort die meisten Schäden angerichtet hatte.
Das SOS-Kinderdorf Nagapattinam wird aus zehn Familienhäusern, dem Haus des Dorfleiters, einem Gemeinschaftshaus, Mitarbeiterunterkünften, einem Haus für die so genannten SOS-Tanten (SOS-Kinderdorfmütter in Ausbildung oder Familienhelferinnen, die die SOS-Kinderdorfmütter unterstützen und sie im Falle einer Krankheit oder eines Urlaubs vertreten), einer Werkstatt und einer Garage bestehen.
Außerdem wurde ein SOS-Sozialzentrum eingerichtet, von wo aus Familienstärkungsprogramme koordiniert werden. Zuerst war dieses Sozialzentrum in einem gemieteten Haus untergebracht, und die Programme waren Teil der Tsunami-Nothilfe. Das Ziel der Familienstärkung ist es, Alleinerziehenden (vor allem Frauen) zu helfen und dafür zu sorgen, dass diese sich nicht gezwungen sehen, ihre Kinder zu verlassen. Man betreut die Kinder z.B. in Kindertagesstätten oder stellt ihnen Schulbücher und Schuluniformen zur Verfügung. Das Gebäude des SOS-Sozialzentrums sowie das umliegende Land wurden später gekauft. Dort entsteht jetzt das neue SOS-Kinderdorf. Das Grundstück liegt in einer Wohngegend der Stadt Nagapattinam, gegenüber vom Büro des Steuereinhebers. Die grundlegende Infrastruktur wie Märkte, Schulen und Spitäler ist vorhanden und im Umkreis von zwei bis drei Kilometern leicht erreichbar.
Das SOS-Kinderdorf Nagapattinam ist in Bau und soll 2008 fertig gestellt werden.