Das SOS-Kinderdorf Cuzco liegt in der gleichnamigen Stadt, die ehemals Zentrum des legendären Inka-Reiches war. Cuzco ist im peruanischen Andenhochland auf 3399 Metern Seehöhe gelegen und zählt heute etwa 750.000 Einwohner. Das SOS-Kinderdorf Cuzco liegt zwei Kilometer außerhalb des Stadtzentrums im Bezirk Santiago und besteht aus 12 Familienhäusern, in denen bis zu 108 Kinder ein neues, liebevolles Zuhause finden können. Das Haus des Dorfleiters, ein Haus für die so genannten SOS-Tanten (in Ausbildung befindliche zukünftige SOS-Kinderdorfmütter oder Familienhelferinnen, die den SOS-Kinderdorfmüttern bei der täglichen Arbeit zur Hand gehen oder sie bei Krankheit und im Urlaub vertreten), ein Gemeinschaftshaus mit Räumlichkeiten für Veranstaltungen und Feiern, ein Haus für den Verwaltungs- und Servicebereich sowie zwei Sportplätze ergänzen die Infrastruktur des SOS-Kinderdorfes.
Für die Jugendlichen des SOS-Kinderdorfes wurden im Stadtgebiet von Cuzco 1999 zwei SOS-Jugendeinrichtungen geschaffen, in denen bis zu 20 in Ausbildung stehende Jugendliche untergebracht sind. Hier werden sie bereits während der höheren Schul- oder Berufsausbildung unter Aufsicht eines Jugendpädagogen im Rahmen von Wohngemeinschaften Schritt für Schritt auf ein Leben in Selbstständigkeit vorbereitet. Ein SOS-Sozialzentrum, das der Bevölkerung aus der Umgebung offen steht, ergänzt das Angebot des SOS-Kinderdorfes. Das SOS-Sozialzentrum wurde im März 2003 seiner Bestimmung übergeben, ist auf die Besonderheiten des sozialen Umfeldes ausgerichtet und soll mit seiner Arbeit dazu beizutragen, die schlimmste Not zu lindern und dadurch auch dem Verlassenwerden von Kindern vorzubeugen. Das SOS-Sozialzentrum beherbergt eine Kindertagesstätte für bis zu 120 Kinder im Vorschulalter, in der ganztägige Betreuung angeboten wird. Die meist allein erziehenden Mütter dieser Kinder haben dadurch die Gelegenheit, tagsüber unbesorgt arbeiten zu können und so für den Unterhalt für sich und ihre Kinder zu sorgen.