Der seit 1955 andauernde Bürgerkrieg hatte auf die Lebensbedingungen der Kinder im Sudan verheerende Auswirkungen. Die Bevölkerung führte vor allem im Süden des Landes ein Leben in ständiger Angst und voller Entbehrungen. Angesichts dieser Situation fand Ende 1996 ein Treffen mit dem Vizepräsidenten des Sudan statt, um die Errichtung eines zweiten SOS-Kinderdorfs im Südsudan zu erörtern. SOS-Kinderdorf International erhielt hierauf ein Grundstück in Malakal (am Oberlauf des Nils), das SOS-Kinderdorf Malakal nahm seinen Betrieb Anfang 2002 auf.
Aufgrund der verheerenden Auswirkungen des Bürgerkrieges beschloss SOS-Kinderdorf im September 1998, im Sudan mit einem SOS-Nothilfeprogramm aktiv zu werden. In der Region um die Stadt Wau wurden sechs Ausspeisungszentren für insgesamt mehr als 2.300 Menschen sowie das SOS-Kinderdorf-Camp Nazareth eingerichtet, das 330 Menschen Schutz und medizinische Betreuung bot. Das SOS-Nothilfeprogramm wurde im März 1999 beendet, nachdem das vorrangigstes Ziel, Kinder und Familien, die Opfer des Krieges geworden waren, bestmöglich zu unterstützen, abgeschlossen war.
Aufgrund von starken Regenfällen und massiven Überflutungen im September 1999, bei denen zahlreiche Gegenden stark in Mitleidenschaft gezogen wurden, rief SOS Sudan ein Nothilfeprogramm in Umbada, 20 km westlich von Khartum, ins Leben. 40 Familienhäuser wurden wieder aufgebaut, Trinkwasserleitungen wiederhergestellt und die lokale Primarschule renoviert.
In dieser von verschiedenen ethnischen Gruppen und Religionen bewohnten Gegend leben viele allein erziehende Frauen mit Kindern. Möglichkeiten im Bildungsbereich sind so gut wie nicht vorhanden. Aus diesem Grund wurde 2003 beschlossen, einen SOS-Komplex, bestehend aus einer Primarschule, einem Sozialzentrum und einem Berufsbildungszentrum 2003 zu errichten.
Erste Zeichen eines andauernden Friedensabkommens nach 50 Jahren Bürgerkrieg gaben den Auftakt zu einem weiteren SOS-Nothilfeprogramm, diesmal in der Nähe der Stadt Malakal. SOS-Sudan startete im März 2004 in Zusammenarbeit mit anderen NGOs ein Programm für demobilisierte Kindersoldaten mit dem Ziel, ihnen psychologische Unterstützung und eine Basisausbildung zukommen zu lassen, um ihnen eine Reintegration in die Gesellschaft zu ermöglichen. Ein Großteil von ihnen wurde im Zuge des Programms, das bis Ende 2009 andauerte, wieder in ihre Familien und Gemeinschaften eingegliedert.
In September 2004 startete SOS-Kinderdorf in Umbada ein Familienstärkungsprogramm. Ziel dieses Programms ist es, Kindern, die Gefahr laufen, von ihrer Herkunftsfamilie getrennt zu werden, den Verbleib in ihrer Familie zu sichern. Um dies zu erreichen, arbeitet SOS-Kinderdorf direkt mit den Familien und den jeweiligen Gemeinden und stärkt sie in ihren Kapazitäten, die Kinder bestmöglich zu betreuen und zu schützen. Organisiert wird diese Präventivarbeit gemeinsam mit lokalen Behörden und anderen Sozialpartnern.
Ende November 2004 beschloss SOS-Kinderdorf ein Nothilfeprogramm in der kriegsgezeichneten Gegend von Darfur im Abu Shok Lager nahe der Stadt El Fashir, Hauptstadt von Nord Darfur, zu starten, um auf die Bedürfnisse von Flüchtlingskindern eingehen zu können. In diesem Flüchtlingslager, in dem mehr als 80.000 Menschen unter verheerenden Bedingungen lebten, wurden zwei Familienzentren eingerichtet. Dort erhielten Kinder und Familien, die von den Ereignissen schwer traumatisiert waren, bis Ende 2009 psychologische und psychiatrische Behandlung.
Im Jahr 2005 wurden außerdem in diesem Lager 15 speziell geschützte Hütten für allein stehende Frauen und verlassene Kinder errichtet, wo diese den Tag an einem gesicherten Ort verbringen können. In einem weiteren Zentrum können diese allein stehenden Frauen wichtige Fertigkeiten lernen, während ihre Kinder in einem kindgerechten Umfeld spielen können.
Nach dem Referendum im Januar 2011, wo sich eine überwiegende Mehrheit (beinahe 99%) für die Unabhängigkeit des Südsudan entschied, folgte am 9. Juli 2011 die offizielle Unabhängigkeitserklärung der Republik Südsudan. Für SOS-Kinderdorf bedeutet dies die Gründung eines neuen nationalen Vereins, der in Zukunft die bestehenden Projekte in Malakal koordinieren und neue Programme realisieren wird.
Bis zum Abschluss des Übergabeprozesses liegt die Verantwortung für die bestehenden Einrichtungen im Sudan sowie im Südsudan - mit derzeit insgesamt zwei SOS-Kinderdörfern, zwei SOS-Jugendeinrichtungen, einem SOS-Kindergarten, zwei SOS-Hermann-Gmeiner-Schulen, zwei Sozialzentren und zwei SOS-Berufsbildungszentren - beim nationalen Büro von SOS-Kinderdorf Sudan.