Das SOS-Kinderdorf Gikongoro liegt in der gleichnamigen Stadt im Süden Ruandas, ca. 160 km von der Hauptstadt Kigali entfernt und ist über die Bundesstraße Butare-Gikongoro-Cyangugu gut erreichbar. Obwohl es bereits 1992 von den ersten SOS-Familien besiedelt wurde, erfolgte die offizielle Eröffnung aufgrund der Kriegswirren erst am 3. Mai 1999. Das SOS-Kinderdorf Gikongoro besteht aus zwölf Familienhäusern, in denen jeweils bis zu zehn Kinder untergebracht werden können. Neben den Verwaltungsgebäuden (Dorfleiterhaus, Tantenhaus, Servicebereich) umfasst das SOS-Kinderdorf auch einen Sportplatz, einen SOS-Kindergarten und eine SOS-Hermann-Gmeiner-Schule.
Der SOS-Kindergarten öffnete seine Pforten am 4. Januar 1993 und wird seither von 150 Kindern – auch aus der näheren Umgebung – besucht, die in drei Gruppenräumen betreut werden. Das Kernstück der Einrichtung ist natürlich der Spielplatz, der den Kleinen viele Möglichkeiten zum Schaukeln, Rutschen, Klettern und Herumtollen bietet.
Die SOS-Hermann-Gmeiner-Schule (Grundschule) hat ihren Betrieb im September 1992 aufgenommen. Knapp über 200 Kinder können dort vorerst in sechs Klassenräumen unterrichtet werden. Aufgrund des großen Bedarfs an pädagogischen Einrichtungen ist ein Ausbau um sechs weitere Klassen geplant, und auch ein Wissenschafts- und Technologieraum, ein Büro für den Schulleiter, ein Krankenraum und sanitäre Anlagen sollen der bestehenden Schule noch in absehbarer Zeit hinzugefügt werden.