1996 kam es erneut zu erbitterten Kämpfen im Kongo, im Zuge derer das SOS-Kinderdorf Bukavu durch eine Truppe des Militärs für kurze Zeit besetzt wurde. Wenig später wurde als Notmaßnahme für die Bevölkerung der Umgebung eine kleine Krankenstation errichtet, die sich aufgrund des anhaltenden Bedarfs mittlerweile zu einer permanenten Einrichtung entwickelt hat.
Aufgrund der Unruhen in der Region Süd-Kivu errichtete SOS-Kinderdorf 1997 in Uvira, ca.130 km südlich von Bukavu am Nordufer des Tanganyikasees, ein SOS-Nothilfekinderdorf mit Kindergarten und Schule für 250 Kinder ein, deren Eltern Opfer des Bürgerkrieges geworden waren. Nachdem nur ein kleiner Teil der Kinder aus dem Nothilfekinderdorf in Uvira in ihre Familien zurückgeführt werden konnte und die Anfragen um Aufnahmen von Kindern weiterhin rasant stiegen, wurde der Bau einer permanenten Einrichtung beschlossen. Ende August 2006 konnten die Kinder ihr neues Heim besiedeln.
Ab 2004 startete SOS-Kinderdorf Familienförderprogramme. Ziel dieser Programme ist es, Kindern, die Gefahr laufen, von ihrer Herkunftsfamilie getrennt zu werden, den Verbleib in ihrer Familie zu sichern. Um dies zu erreichen, arbeitet SOS-Kinderdorf direkt mit den Familien und den jeweiligen Gemeinden und stärkt sie in ihren Kapazitäten, die Kinder bestmöglich zu betreuen und zu schützen. Organisiert wird diese Präventivarbeit gemeinsam mit lokalen Behörden und anderen Sozialpartnern.
Aufgrund des Krieges und der äußerst schwachen Wirtschaftslage des Landes sind die Möglichkeiten, eine passende Arbeit zu finden, immer seltener. Das Erziehungssystem hat sich ebenfalls aufgrund eines Mangels an Wartung verschlechtert. Es ist für die SOS-Jugendlichen sehr schwierig, eine passende Arbeit zu finden und selbständig zu werden. In der Folge können sie sich kaum selber versorgen. Aus diesem Grund wurde das SOS Berufsbildungszentrum gebaut, um den SOS Jugendlichen aus Bukavu, Uvira und möglicherweise Rwanda und Burundi sowie denen der umliegenden Gemeinschaft zu dienen. Die Erweiterung dieser Einrichtung um ein Zentrum für Entwicklung des Unternehmertums „Centre for Youth Entrepreneurship Development“ soll das passende Umfeld für den Start von Mikro-Unternehmen in den verschiedensten Gewerbebereichen bilden und somit die berufliche Selbständigkeit der jungen Menschen fördern.
Eines der schwerwiegendsten Konsequenzen der Kriege in Kongo ist die Migration in die Städte: Kinshasa konzentriert alle Probleme einer sich entwickelnden Weltmetropole: Hunger, Krankheiten, Arbeitslosigkeit, Armut. Die unmittelbare Konsequenz ist eine große Zahl an verlassenen Kindern, die auf der Straße lebt. So wird das SOS-Kinderdorf in Kinshasa für 150 Kinder ein neues Heim darstellen.
Zurzeit gibt es drei SOS-Kinderdörfer in der Demokratischen Republik Kongo, zwei SOS-Jugendeinrichtungen, drei SOS-Kindergärten, drei SOS-Hermann-Gmeiner-Schulen, ein SOS- Berufsbildungszentrum, drei SOS-medizinische Zentren und drei SOS-Sozialzentren.